Спустя три года после возвращения «Ямато» Земля восстала из пепла и заключила мир с Гамилусом, но ради прогресса человечество преступило запрет на использование технологий волнового движения. Бывшие члены экипажа, успевшие вернуться к мирной жизни, внезапно получают ментальный призыв от таинственной богини Терезы с далекой планеты Телезарт. Она велит им вернуться на борт линкора, чтобы обрести силу, способную остановить новую угрозу — беспощадную империю Гатлантис. Сусуму Кодай и его соратники вновь собираются вместе и отправляются в опасное межгалактическое путешествие, которое станет величайшим испытанием их мужества и стойкости.
